チョコっと気になったので
なるべく簡単なモデルでテストしてみました。
パラメータの影響が見えやすいのですが

collision toleranceがメッシュに対して大きいとかなり変な結果になり
小さくしすぎると、Sub Step等の時間系列の設定値を大きくしないと
一部が突き抜けたりして上手くいかない。
という傾向に見えます。

つまりメッシュの大きさが設定値に影響するので
メッシュはなるべく正方形で同じような大きさが理想なのかな(^^;)

あと、今のクロスは面で当たり判定してるんですね。（Deflection側のみ?)
CP同士なら突き抜ける数値でも大丈夫なので驚きました。

また、これは、面白い傾向だなぁと思ったのですが
計算の順番の違いによると思われる偏りが見られます。
サンプルだと左右対称の動きになるはずですが、つねに一方に偏ります。
物理的なシミュレーションとはちょっと違いますね(^^)

シンプルサンプル