http://animaspark.net/up/files/244.jpg

画像が大きくてすみません。
わかりにくい部分だと思うので順序立てて書いてみます。

１　
ポーズ（リレーションシップ）の編集を選択すると
リレーションシップ編集の作業ウインドゥが開き、
アクションフォルダにショートカットが表示されます。

＃この時点ではアクション　/　リレーションシップショートカット　/　モデルショートカット　/　ボーンフォルダには
＃リレーションシップの編集内容（歯車マーク）が書き込まれているだけですので
＃リレーションシップで連動していない他のボーンはフォルダには表示されません。

２
モデルショートカットの横の
Show more than driversをクリックすると
ショートカット元のモデルのボーンフォルダが現れ
作業ウインドゥで不可視状態になっているボーンもここで選択できます。

注意としてリレーションシップの編集中に
Define Relationship（鎖アイコン）がオンになった状態で
ボーンの表示・非表示、回転などを行うと
リレーションシップとしてすべて記録されてしまいます。

一時的にボーンを表示したい場合はDefine Relationshipをオフにしてください。

＃コレオグラフィでアニメを作るとき
＃キーフレームを打たずにパラメーターをいじるときには
＃アニメートモード（Ａアイコン）をオフにしますが、
＃Define Relationshipはそれと同じ理屈だと思います

たぶんこんな感じだと思うのですが、質問の意図と違ってたらすみません。